據海港俱樂部官方發布的消息，在9月28日中超聯賽第27輪對陣青島西海岸的比賽中，武磊在第30分鐘因肋部受傷而被迫退場，並立即前往醫院接受檢查。隨後，海港官方在9月30日發表了一份傷情公告，表示武磊的肋部沒有明顯的骨折，但受傷部位非常痛苦，且伴隨著一定程度的呼吸困難。此外，他的膝關節舊傷也出現了反復的癥狀。

由於傷勢的原因，武磊在10月1日對陣浦項制鐵的亞冠比賽中沒有上場。國家隊方面也在10月4日發布公告稱，因傷情不佳，武磊、阿蘭和楊澤翔將無法隨隊前往澳大利亞參加客場比賽。國足最終在10月10日以1比3輸給了澳大利亞。

盡管武磊在10月13日前往青島報到並加入了國家隊，但他在10月15日對陣印尼的比賽中只是作為替補未登場。隨後，在10月18日的中超第28輪對陣成都蓉城的比賽中，武磊在第58分鐘替補登場，但未能挽救球隊的失利，海港隊也失去了榜首的位置。接著，海港隊在10月22日的亞冠比賽中以3比2戰勝中央海岸水手，武磊在首發陣容中上場並在第61分鐘助攻得分，隨後被換下場，這是他本賽季在亞冠取得的首場勝利。在10月27日的中超第29輪對陣滄州雄獅的比賽中，武磊首發上場並在第88分鐘因傷退場，但他還是幫助海港隊以1比0獲勝，重新奪回了榜首的位置。

11月2日的中超第30輪比賽中，海港隊主場以5比0的大比分擊敗天津津門虎，武磊全場出場並打入2球，助攻2次，造點球1次，成為比賽中的關鍵人物。他以34個進球的成績獲得了中超聯賽本賽季的金靴獎（這也是武磊最近參加的比賽中的最後一場）。然而，在11月4日，他入選了國家隊參加11月的世預賽集訓名單後，他在社交媒體上公開了自己在醫院接受治療的視頻，視頻中顯示他的膝關節有積液。

11月5日，武磊因為右膝半月板舊傷復發而無法參加海港隊在亞冠比賽中對陣川崎前鋒的比賽。據悉，他在前往日本備戰期間的訓練中出現了傷勢，因此在比賽當天提前返回上海治療。隨後，國家隊在11月9日抵達西亞後進行了首次訓練，但武磊由於傷勢無法參加全隊合練，只能進行單獨的恢復訓練。在11月10日的訓練中，武磊的右膝被厚厚的冰袋包裹著，仍然無法進行高強度的技術戰術訓練。

根據《北京青年報》和《體壇周報》的消息，11月11日，國家隊的醫療團隊確認了武磊的傷勢嚴重程度，他的下肢無法正常活動。由於這個原因，他將無法在11月14日客場對巴林的比賽中參加，並且很有可能無法在11月19日主場對陣日本的比賽中出場。